提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
数说江西政协五年“成绩单”:履职尽责 凝聚共识******
中新网南昌1月10日电 (记者 吴鹏泉 刘力鑫)收到“委员作业”6000多篇、收集社情民意信息2.9万多条、搭建“赣事好商量”平台6000多个、收到提案3673件立案3194件……五年来,江西政协围绕中心履职尽责,凝聚共识效果增强,为助力江西高质量跨越式发展作出了积极贡献。
政协江西省第十三届委员会第一次会议10日在南昌开幕,十二届江西省政协主席姚增科代表政协江西省第十二届委员会常务委员会作工作报告时表示,五年来,江西政协接续发展,履职尽责,干出新时代新样子,彰显新时代新价值。
姚增科介绍,江西政协完善履职考核评价体系,按照“一个也不少”要求,建立委员必提交作业、常委必撰写报告、党组成员必进行点评制度,实行“缺会补会、缺学补学、缺训补训”,委员责任意识不断增强。
江西政协还探索委员参加计划专题与自主选题调研两结合,形成“委员作业”6000多篇;持续开展委员联系走访民营企业活动,帮助解决“转型升级瓶颈”等难题500多个。
姚增科表示,面对战疫战贫抗洪抗旱多场大考,江西政协委员们快速响应,有的不顾个人安危驰援一线,有的及时发声下情上达,有的慷慨解囊捐款捐物,有的深入基层疏导情绪、化解矛盾,关键时刻站得出、顶得上、靠得住,使命担当彰显。
十二届江西省政协副主席谢茹在作关于提案工作情况的报告时说,十二届江西省政协全体委员、政协各参加单位和各专门委员会,围绕江西省委、省政府中心工作,聚焦人民群众普遍关心的民生问题履职建言,五年来共收到提案3673件,立案3194件,现已全部办结。
谢茹透露,围绕江西经济建设,江西政协提出提案961件。其中,在促进VR、5G、航空电子产业发展等方面,提出提案311件;在做强投融资平台、实施研发攻坚行动、推进“科创飞地”平台建设等方面,提出提案335件;在减税降费、加大惠企纾困力度、促进消费、支持实体经济发展等方面,提出提案315件。
谢茹说,围绕社会建设,江西政协提出提案819件。其中,在巩固脱贫攻坚成果、破解“空心村”改造困局、发展新型农村集体经济等方面,提出提案229件;在推进“双减”工作、加快职业教育发展、建设“双一流”高校等方面,提出提案226件;在开发利用江西道地药材、发展中医药和生物医药产业等方面,提出提案364件。
姚增科表示,五年来,江西政协共立项课题80个,开展重点协商活动200多场,收到大会发言2800多篇,收集社情民意信息2.9万多条,形成政协专报、建议案160多件,江西省委、省政府领导均就如何鉴用作批示、提要求,成为党政决策重要参考。
姚增科说,江西政协广泛开展团结联谊,定期走访慰问少数民族和宗教界委员;组织港澳委员和特邀海外侨胞代表开展返赣视察,参加对接粤港澳大湾区、“赣台会”等经贸活动,引导港澳委员发挥“双重积极作用”。
谈到江西政协下一步工作建议时,姚增科表示,要深刻把握新时代新征程人民政协的使命任务,按照中共江西省委部署,坚持党的领导、统一战线、协商民主有机结合,坚持发扬民主和增进团结相互贯通、建言资政和凝聚共识双向发力,推动新时代政协工作高质量发展。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)